So vznikom kaštieľa je historicky spätý šľachtický rod Pálffyovcov. Stavba bola vybudovaná v prvej polovici 17. storočia na podnet grófa Pavla IV. Pálffyho. Šľachtická rezidencia sa potom na 300 rokov stala rodovým sídlom Pálffyovcov. V roku 1918 odišli poslední šľachtickí vlastníci do Rakúska.
Po roku 1918 obývali kaštieľ najprv dôstojníci československej armády a štátni úradníci. V 30. rokoch získal kaštieľ s parkom františkánsky rád, ako kompenzáciu za tzv. patronátne povinnosti. V období 1944 - 1945 ho obsadili nacisti. V 50. rokoch slúžil ako kasárne Útvaru pohraničnej stráže. Po roku 1957 tu bola zriadená nemocnica, ktorá objekt opustila po roku 2000. Medzitým bol objekt navrátený františkánskemu rádu. Dnes kaštieľ vlastní mesto Malacky, ktoré jeho interiéry postupne rekonštruuje a sprístupňuje širokej návštevníckej verejnosti.
Kaštieľ prešiel viacerými stavebnými úpravami. Bol postavený ako štvorkrídlový kastel, talianskeho typu. V rokoch 1720-1730 bol prestavaný v barokovom štýle. Hlavné priečelie bolo doplnené o dekoratívne štuky, maskaróny v barokovom štýle. Radikálna prestavba sa datuje do začiatku 19. storočia, keď sa mení pôvodná architektonicko-výtvarná podoba fasád i interiéru v intenciách klasicistických princípov. Barokovú záhradu vystriedal pre klasicizmus charakteristický anglický park.
Zámok má štvorcový pôdorys, dve nadzemné podlažia a rozsiahle podzemné priestory. Premyslený vykurovací systém celého objektu vyúsťoval do 23 unikátnych komínov francúzskeho typu.
Za povšimnutie stoja slnečné hodiny nachádzajúce sa na nádvorí. Nádvoriu v minulosti dominovala socha bronzového jeleňa, ktorá sa nezachovala. Dnes je tam kópia, umiestnená na obnovenej studni.
Pôvodný interiér bol vyzdobený množstvom poľovníckych trofejí, vzácnym nábytkom a rozsiahlou zbierkou zbraní. V rohu východného a severného krídla zámku sa nachádzala kaplnka Svätého kríža.
Pálffyovci boli starým uhorským šľachtickým rodom. Rod preslávil významný protiturecký bojovník Mikuláš II. Pálffy (1552-1600). Jeho syn Pavol IV. Pálffy bol prvým malackým zemepánom z pálffyovského rodu. V roku 1622 získal Plavecké panstvo do zálohu, v roku 1634 sa stal jeho dedičným vlastníkom. Bol významným uhorským politikom. Vrcholom jeho kariéry bola funkcia palatína Uhorského kráľovstva. Získal grófsky titul, stal sa kapitánom bratislavského hradu. Bol tajným radcom a komorníkom uhorského kráľa. V Malackách začal budovať nový kaštieľ so zámockým parkom. V roku 1653 v meste založil kláštor františkánov. Jeho telo pochovali v Bratislave a srdce bolo uložené v malackom kláštore.
Po jeho smrti sa na čelo Plaveckého panstva postavil jeho syn Ján III. Anton Pálffy (1642-1694). Počas jeho éry bol dobudovaný malacký zámok. Rovnako aj neho pochovali v Bratislave a srdce v krypte malackého kláštora. Neskôr sa rod rozvetvil. Plavecké panstvo získal Mikuláš V. (1657-1732), protiturecký bojovník a uhorský palatín. Jeho nástupca Mikuláš VIII. (1710-1773) bol uhorským kancelárom.
Po jeho smrti sa hlavou rodu stal jeho syn Karol IV. (1735-1816). Bol kancelárom pre Uhorsko a Sedmohradsko. V roku 1807 získal dedičný kniežací titul pre najstaršieho mužského člena rodu s manželkou. Jeho syn Jozef III. (1764-1827) bol v poradí druhým kniežaťom. Počas jeho éry boli na Plaveckom panstve veľké nepokoje, vzbury. Tretím kniežaťom bol jeho syn Anton Karol (1793-1879), ktorý bol istý čas vyslancom v Sasku. V jeho dobe bolo zrušené poddanstvo a výsady šľachty. Zomrel bezdetný.
Posledným malackým členom pálffyovského rodu bol synovec Antona Karola Mikuláš XIII. V roku 1918 sa nútene odsťahoval do rakúskeho Marcheggu. Pálffyovci držali počas celej svojej éry nad mestom svoju ochrannú ruku. Určovali charakter mesta a jeho smerovanie, čo malo dobré aj zlé stránky.
Kaštieľ v Malackách počas svojej histórie zažil mnoho turbulentných čias. Slúžil ako panské sídlo šľachtickej rodiny, ubytovanie pre študentov, socialistickú nemocnicu, armádu a prístrešok pre bezdomovcov. Od roku 2007 patrí k mestu a je čiastočne zrekonštruovaný a otvorený pre verejnosť. Za toto úsilie získalo mesto cenu Ministerstva kultúry Slovenskej republiky.